在学术层面，由于有一定的独立性，较少受皇权的干扰，即使在“注六经”中也还能形成不同的学派，特别在唐中叶以后，书院兴起，至北宋蔚为大观。无论在朝在野，学者和书院对道统的传承和丰富起了很大作用，甚至还能发展出疑孔、非孔之学。另外还有一条隐逸之路，在“邦无道”或自己想远离“帝力”时，还可以归隐田园，保持一定的精神独立，并创作出无比丰富的、灿烂瑰丽的文学艺术珍宝。“不为五斗米折腰”成为千古名言，深入人心，不论是否能做到，却无形中形成一种精神上的向往。
3. 与以上二者并行的还有另一种传统，我称之为“颂圣文化”。就是把爱国与忠君合二为一，而且忠君是绝对的，“虽九死其犹未悔”。见用则“皇恩浩荡”，“感知遇之恩”，万死不辞;获罪则不论如何冤屈，“臣罪当诛兮，天王圣明”。此语出自韩愈《幽拘操》。韩愈是最正统的儒家道统维护者，也应算是直言敢谏之士，明知皇帝好佛，偏要上《论佛骨表》，遭贬黜在所不辞，“肯将衰朽惜残年”!他以同样的忠诚作《幽拘操》，想象当年周文王被殷纣王拘禁时的心情，写出了这句也成为千古传颂的“名句”。周文王代表了儒家所向往的最理想的天子，他坐牢时也有《歌》传下来，注家有不同解释，此处不论。可韩愈觉得他应该抱这样的态度。这种发自内心的绝对服从，其伦理的依据就是儒家的“三纲”，现实的基础则是人身依附。因为在那种制度下，读书人除了“报效朝廷”外，几乎没有其他的途径可以用其学。冒死直谏、犯颜上书，都是出于忠心，就事论事，绝不是反对皇帝本人。无论哪朝哪代多么开明的皇帝都不会容忍对本人公开的否定，连“腹诽”也是罪。为人臣者基本上自觉遵守这一条，因而天王永远“圣明”的“颂圣文化”流毒久远。
西学东渐以后的变化
中国近代史开始的标志是，以鸦片战争为契机，古老的农耕文明遭遇了上升的工业文明，无法再照老路对入侵者在文化上加以融化。这“三千年未遇之大变局”促发了民族的猛醒和震荡，“士”的心灵受到了空前的冲击，少数先知先觉者开始新的探索，中国人的现代“启蒙”于此开始，到清末民初渐成气候，新潮不可阻挡。
这一探索持续百年。由于面临的问题与以前完全不同，“亡国”不再是朝代更迭，而是与“灭种”联系起来，那时所谓“灭种”，不是真的如希特勒对犹太人那种“种族灭绝”，而是指整个华夏文明的存续问题。所以读书人的危机感特别强烈，探索也空前活跃。在精神上，传统因素还是起一定的作用。上述1. 忧国忧民的担当与2. 骨气和勇气，在新的条件下赋予了新的内容，驱使无数仁人志士为民族复兴抛头颅、洒热血。在谭嗣同、秋瑾等烈士乃至早年共产党人身上都可以看到这种传统精神。不过他们不是为维护原来的“道统”，而是力图打破它，朝廷和国家已不是一回事，而是为救国必须推翻朝廷，至少要彻底改造之。这种威武不能屈的骨气与从西方引进的“人格独立、思想自由”以及“社会良知”可以相通，并相互加强。
他们告别的是上述第3点——“颂圣文化”。这是“新文化”的精髓，从严复的“开启民智”( 严复晚年的转向遭人诟病，但他前期对启蒙的贡献和精辟言论不可抹杀)到梁启超的“新民说”到五四一代人为“德先生、赛先生”的呐喊，都是企图唤起民众摆脱在“颂圣文化”下培养出来的奴性与愚昧。那种“铁肩担道义”的精神是传统的，而所承载的观念和思想是新的，从外面引进的。这是一场持续的启蒙。如果说，中国曾经有传统文化与外来文化的精华相结合的时期，那就是19世纪末至20世纪前半，经历了百年的“新文化运动”(广义的)，现代文化、教育、新闻、出版等等事业初具规模，同时出现至少两代在思想上和学识上堪称贯通中西的知识分子。即使在抗日战争极端艰苦的条件下，文化教育没有停顿，还在继续发展，新旧结合的“士”的精神没有出现断层。甚而可以说，中国读书人的传统中优秀的部分与新的思潮相结合达到了历史的新高度。
现在常为人们所称道的西南联大那些人和事可以为代表，当然不止西南联大，还有“中研院”以及其他高等院校和学人都有可歌可泣的表现。那时政府也是专制，也有高压，甚至还有暗杀，但是总体上，知识精英还是保持了气节和一种价值共识。张奚若在国民政府召开的“国民参政会”上发言被蒋介石打断，就拂袖而去，下次开会可以退回差旅费，拒绝参加;马寅初公开揭露孔祥熙，把他骂下台;直到1947年已是内战方酣之时，傅斯年公开发表文章《这样子的宋子文非走开不可》，半个月后宋子文就被撤职。1940年冯友兰受西南联大教授委员会的委托给当时教育部长陈立夫写的那封信最集中体现了这种传统与现代精神的结合。那件事起因是教育部下达指令，要审核大学的课程和实行统一考试，受到全体教授的抵制，委托冯先生起草回绝函。信是典雅的古文，套用诸葛亮《后出师表》的语气，内容是据理批驳教育部的指令文件，通篇贯穿现代教育独立于权势的理念，掷地有声。特别指出如果按此规定办理，大学将等同于教育部高教司的一个科，大学教授在学生心目中将不如科员，受到轻视。结果教育部的指令就此被顶回，学校保持了独立。这里讲的是一种精神。至于个人在多事之秋各自信奉不同的学说，在国家分裂时做出了不同的选择，是另一回事。
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